Vanaf 1 januari 1994 is voor de regeling van het procedurerecht van de Wm in hoofdstuk 13 aangesloten bij de Algemene wet bestuursrecht (Awb). Het betreft hier de in afdeling 3.5 van die wet opgenomen 'uitgebreide openbare voorbereidingsprocedures' (uovp's). Deze procedureregeling is gebaseerd op de oude regeling uit de Wm zodat de nieuwe regeling van de Awb in grote trekken daarmee overeenkomt. De Wm bevat in hoofdstuk 13 nog slechts enkele bijzondere bepalingen betreffende toepasselijke procedures.

De uitgebreide openbare voorbereidingsprocedures van de Awb zijn in navolging van de Wm zo ingericht dat er zo kort mogelijke termijnen kunnen worden gerealiseerd zonder dat er wezenlijk afbreuk wordt gedaan aan de inspraakmogelijkheden. In dit hoofdstuk komt het procedurerecht voor milieubesluiten in zoveel mogelijk juridische facetten aan bod.

In paragraaf 12.2 gaan we in op de wijze waarop de procedureregeling van de Awb van toepassing zijn verklaard op de vergunningen en ontheffingen ingevolge de belangrijkste milieuwetten, wat de inhoud en betekenis is van de aanvullende bepalingen van de Wm en hoe het overgangsrecht voor oude vergunningen is geregeld (subpar. 12.2.2). De Wm kent de mogelijkheid dat dit procedurerecht geheel of gedeeltelijk buiten toepassing wordt gelaten in bijzondere gevallen (staatsveiligheid en snelle verwijdering gevaarlijk en ander afval, subpar. 12.2.3). Ook voor besluiten waarvoor niet de uovp's of andere specifieke procedures uit de Awb gelden, zijn er bepaalde minimum-eisen aan de besluitvorming. Men kan in dat geval spreken van een soort van basisprocedure (subpar. 12.2.4).

In paragraaf 12.3 bespreken we de bepalingen die betrekking hebben op de 'normale' procedure ten aanzien van de aanvraag om vergunning/ontheffing die binnen zes maanden moet worden afgehandeld. Nadat enkele algemene aspecten van het procedurerecht zijn behandeld zoals bepaalde centrale begrippen en de procedurelijnen (subpar. 12.3.2) wordt de stof zal behandeld worden aan de hand van de vier hoofdfasen die in de procedure zijn te onderscheiden: het vooroverleg en de behandeling van de aanvraag (subpar. 12.3.3), de opstelling en bekendmaking van de ontwerp-beschikking (subpar. 12.3.4), de inspraak en advisering ten aanzien van de ontwerp-beschikking (subpar. 12.3.5) en de vaststelling en de publicatie van de beschikking (subpar. 12.3.6). In deze paragraaf wordt ook ingegaan op de mogelijkheid tot verlenging van de procedure als het een ingewikkeld of omstreden onderwerp betreft (12.3.7) en tot gecoördineerde voorbereiding en behandeling van verschillende aanvragen voor eenzelfde project (12.3.8).

In paragraaf 12.4 staat de procedure voor de beschikkingen tot wijziging of intrekking van een vergunning of ontheffing centraal. Eerst gaan we na wanneer deze procedure moet worden toegepast (subpar. 12.4.2). Als het bevoegd gezag een dergelijke beschikking uit eigen beweging neemt, dan spreken we van een 'ambtshalve' beschikking. Dit is ook het geval als door een derde-belanghebbende (niet de vergunninghouder) om een dergelijke beschikking vraagt; dat wordt dan als een 'ambtshalve' beschikking op verzoek opgevat. Zelfs als de vergunninghouder vraagt om intrekking van zijn vergunning geldt deze procedure! Deze procedure bestaat uit twee hoofdfasen die in twee afzonderlijke subparagrafen aan bod komen: de bekendmaking van het voornemen tot wijziging of intrekking (de 'voornemenfase', subpar. 12.4.3) en de uitvoering van dit voornemen ('de uitvoeringsfase', subpar. 12.4.4) die veel lijkt op de behandeling van de ontwerp-beschikking in de procedure op aanvraag van de vergunninghouder.

In paragraaf 12.5 gaan we in afzonderlijke subparagrafen in op de regeling van de openbaarheid en die van de geheimhouding uit de Wm. De bepalingen in verband met de openbaarheid zijn opgenomen in hoofdstuk 19 Wm waarin ze ongewijzigd van de Wabm zijn overgenomen. Te verwachten is dat bij de invoering van de vierde tranche Awb de regeling van de Wm over dit onderwerp in hoofdzaak naar die wet verhuist. In subparagraaf 12.5.2 staan we eerst stil bij de verhouding van de regeling in de Wm en de Wet openbaarheid van bestuur (Wob). Het betreft in de Wm een verbijzondering van de regeling van dit onderwerp uit de Wet openbaarheid van bestuur (Wob) die alleen van toepassing is op de stukken die met toepassing van de Wm openbaar gemaakt moeten worden. In subparagraaf 12.5.3 wordt het inzagerecht behandeld: het permanente recht om vanaf het einde van de beroepstermijn de beschikking en relevante stukken te mogen inzien. Daarnaast kent hoofdstuk 19 Wm een regeling van het tegenovergestelde: de mogelijkheid van geheimhouding van bepaalde bedrijfsgegevens (subpar. 12.5.4). Deze regeling kan toegepast worden bij bedrijfsgeheimen of beveiligingsgegevens maar ook in het belang van de staatsveiligheid in welk geval de betrokken minister de toepassing ervan kan opleggen.

Dit hoofdstuk wordt (in par. 12.6) afgesloten met de behandeling van enkele bepalingen van de Wm die betrekking hebben op de afstemming tussen de milieuvergunning en andere vergunningen en beleidsmaatregelen. We behandelen eerst de afstemming van de milieuvergunning met de bouwvergunning (subpar. 12.6.2) en daarna met de vergunning ingevolge de Wet verontreiniging oppervlaktewateren (Wvo-vergunning, subpar. 12.6.3). Voor de bouwvergunning geldt in principe een aanhoudingsplicht zolang de milieuvergunning nog niet in werking is of nog geen uitspraak is gedaan op een verzoek om voorlopige voorziening. De aanvragen om Wvo-vergunning en om milieuvergunning moeten zoveel mogelijk gezamenlijk worden behandeld. Maar ook zijn er mogelijkheden tot het geven van aanwijzingen aan de waterkwaliteitsbeheerder met het oog op de afstemming op de milieuvergunning. Vervolgens gaan we in op de afstemming tussen de milieuvergunning en het afvalstoffenbeleid van de rijksoverheid waarbij de ministeriële verklaring van geen bezwaar en de aanwijzingsbevoegdheid een rol spelen (subpar. 12.6.4). Ten slotte komt de afstemming tussen de milieuvergunning met het geluidshinderbeleid aan de orde (subpar. 12.6.5). Voor die laatste afstemming bevat de Wm bepalingen die een relatie leggen tussen de behandeling van de aanvraag om een milieuvergunning en de zonering ingevolge de Wet geluidhinder (Wgh) van een industrieterrein waarop die inrichting gevestigd zal zijn of uitgebreid zal worden. Evenals voor de bouwvergunning geldt hier een aanhoudingsplicht, in dit geval van de aanvraag voor de milieuvergunning. De zone geldt hier als toetsingskader voor de verlening van de milieuvergunning.