In deze paragraaf zullen we de procedure bespreken die betrekking heeft op de beschikkingen op aanvraag om een vergunning of ontheffing. We volgen daarbij de hiervoor beschreven opzet in fasen waarbij aan elke fase een afzonderlijk paragraaf wordt gewijd. Eerst worden in subparagraaf 12.3.2 enkele algemene aspecten van de procedureregeling belicht. Zo zullen we (onder A) enkele belangrijke begrippen zoals 'zienswijzen', 'bedenkingen', 'bezwaren', 'besluiten' en 'beschikkingen' toelichten en (onder B) de verschillende fasen weergeven van de procedure uitgaande van de vier hoofdfasen: indiening aanvraag, publicatie ontwerpbeschikking, advisering en inspraak en publicatie en bekendmaking beschikking.

In subparagraaf 12.3.3 wordt ingegaan op het vooroverleg (A) en de indiening en behandeling van de aanvraag om beschikking (B). Bij dat laatste speelt de beoordeling van de ontvankelijkheid een belangrijke rol. Ook gaan wij daarbij in op enkele bijzondere aspecten van de regeling zoals de bijzondere regeling voor de vergunning ten behoeve van de verwijdering van gevaarlijke afvalstoffen waarvoor een verklaring van geen bedenkingen van de minister van VROM nodig is en de afwijkende regeling bij de toepassing van de m.e.r.-procedure.

In subparagraaf 12.3.4 gaan we in op de opstelling en de bekendmaking van de ontwerpbeschikking. In de jurisprudentie zijn diverse aspecten van dat laatste verder uitgewerkt waarbij we blijven stil staan.

Belangrijk in de procedure van vergunningverlening is de advisering en vooral de inspraak ten aanzien van de ontwerpbeschikking. In subparagraaf 12.3.5 gaan we op beide aspecten (advisering: A, inspraak B) afzonderlijk is waar bij de inspraak bijzondere aandacht wordt gegeven aan de onder omstandigheden te houden gedachtewisseling.

De procedure wordt afgesloten met het nemen van het vergunningsbesluit en de publicatie van dat besluit (subpar. 12.3.6). Op diverse aspecten gaan we nader in zoals de termijn van zes maanden voor het nemen van de beschikking (A), de motiveringsplicht van paragraaf 3.7 Awb (B), de eisen ten aanzien van de publicatie (C) en de betekenis van de verschillende termijnen voor besluitvorming en publicatie (D).

In subparagraaf 12.3.7 behandelen we de (door de Awb uit de Wm is overgenomen) mogelijkheid om de beslistermijn te verlengen. Dit kan gebeuren als het een ingewikkeld of omstreden onderwerp betreft. Het bestuursorgaan moet dit wel aan het begin van de procedure vaststellen en kan daarbij zelf bepalen welke termijnen in de plaats van de wettelijke gelden.

Het zal duidelijk zijn dat, ondanks de geïntegreerde milieuvergunning, bij het bestaan van weliswaar gestandaardiseerde, maar niettemin toch afzonderlijke vergunningsbevoegdheden (zoals de Wvo-vergunning), een coördinatieregeling niet gemist kan worden. Deze regeling is opgenomen in hoofdstuk 14 Wm en wordt in subparagraaf 12.3.8 behandeld. Onderscheid kan worden gemaakt in coördinatie bij de voorbereiding van de aanvraag om vergunning/ontheffing en coördinatie bij de behandeling van de aanvraag. Het kan daarbij verschillende procedures betreffen waarop de Wm van toepassing is, maar ook procedures waarop tevens andere regelingen van toepassing zijn, zoals de WRO, de Woningwet, de Ontgrondingenwet of de Landinrichtingswet. Na een uitleg van de achtergronden en bedoeling van de coördinatieregeling (A) gaan we in op de vraag wanneer gecoördineerd moet worden (B) en hoe de coördinatie uitgevoerd dient te worden (C). Daarbij zullen we zien dat de regeling volstaat met enkele globale eisen op het punt van het gezamenlijke doorlopen van de vier hier beschreven hoofdfasen in de procedure.