Naast de afstemmingsregeling op planniveau die we in paragraaf 8.5 behandelden, kent het milieurecht bepalingen die betrekking hebben op afstemming op vergunningenniveau. Het betreft hier zowel de afstemming tussen de milieuvergunning en andere vergunningenstelsels als tussen de milieuvergunning en andere beleidsmaatregelen. De afstemming tussen vergunningen in het milieurecht is een onderwerp dat geregeld in de publieke belangstelling komt. Dit aan de ene kant omdat van de kant van de ondernemers structurele druk op het bestuur bestaat om procedures zo weinig mogelijk belastend en zo efficiënt mogelijk te doen zijn, terwijl anderzijds de beleidslasten voor de overheid vaak aanmerkelijk zijn en de beoogde effecten niet steeds bereikt worden. In 1996 besteedde de Vereniging voor Milieurecht er een ledenvergadering aan waarin onder meer de resultaten van eerdere evaluaties werden besproken.

We gaan hierna eerst in op de afstemmingsproblematiek waarmee de praktijk het meeste te maken krijgt: tussen de milieuvergunning en de bouwvergunning (subpar. 12.6.2). Na te zijn ingegaan op de algemene uitgangspunten van de regeling die in hoofdzaak is opgenomen in artikel 52 van de Woningwet en die erop neerkomt dat de bouwvergunning niet kan worden verleend als de milieuvergunning nog niet in werking is (A) behandelen we de diverse aspecten van de aanhoudingsregeling (B) zoals het begin en het einde van de aanhouding en de mogelijkheid van aanpassing van de bouwaanvraag aan de eisen van de milieuvergunning. Onder C wordt ingegaan op de informatieverstrekking in dit verband aan de (meestal verschillende) bevoegde bestuursorganen en op de bepaling dat de bouwvergunning bij samenlopende procedures niet kan worden verleend als de milieuvergunning nog niet in werking is getreden .

Bij de afstemmingsregeling van de milieuvergunning met de Wvo-vergunning die we in subparagraaf 12.6.3 behandelen is er ook sprake van procedurele afstemming. Deze regeling komt erop neer dat de verschillende procedurestappen (op beide vergunningsprocedures is de uitgebreide openbare voorbereidingsprocedure van de Awb van toepassing) zoveel mogelijk gelijktijdig worden gezet (A). Inhoudelijk is daarentegen de bevoegdheid van de ministers van VROM en van V en W en van GS om aan de waterkwaliteitsbeheerders een aanwijzing te geven ten aanzien van de inhoud van een Wvo-vergunning, dit met het oog op de samenhang met de milieuvergunning (B). In de Kernenergiewet wordt overigens de afstemmingsregeling van de Wm van overeenkomstige toepassing verklaard (C).

In de Wm zijn verschillende instrumenten opgenomen die betrekking hebben op de afstemming van de milieuvergunning op het rijksafvalstoffenbeleid. Deze bespreken we in subparagraaf 12.6.4. Hier heeft de afstemming een eenzijdig karakter waar de vergunningverlening ondergeschikt is aan het rijksbeleid op dit punt (A). Dit blijkt duidelijk uit de noodzaak voor het tot vergunningverlening bevoegde gezag (meestal GS) om voor bepaalde vergunningen ten behoeve van inrichtingen waar gevaarlijke afvalstoffen worden verwerkt een verklaring van geen bedenkingen van de minister van VROM te vragen. Zonder die verklaring, die we als rechtsfiguur in subparagraaf 11.2.2, onder E hebben beschreven, kan de milieuvergunning niet worden verleend. Onder meer wordt ingegaan op de mogelijkheid van het vergunningverlenend gezag zich daartegen te verzetten (B). Ook een ander afstemmingsinstrument in dit verband hebben we in het vorige hoofdstuk reeds beschreven: het betreft het ministerieel verzoek als bedoeld in artikel 8.39 Wm aan het bevoegd gezag om de voorwaarden of beperkingen aan een milieuvergunning aan te passen of de vergunning in te trekken in het belang van een doelmatige afvalverwijdering (C). Ook deze regeling wordt in de Kernenergiewet van overeenkomstige toepassing verklaard D).

Ten slotte kent de Wm een regeling die betrekking heeft op de afstemming tussen de milieuvergunning en het geluidshinderbeleid. Deze, in subparagraaf 12.6.5 te behandelen regeling, is opgenomen in hoofdstuk 13 Wm en komt er in het kort op neer dat de aanvraag om een milieuvergunning voor bepaalde inrichtingen die voorheen onder de vergunningsplicht van de Wgh vielen, moet worden aangehouden als het industrieterrein waarop die inrichting zal worden gevestigd of uitgebreid nog niet is gezoneerd in de zin van de Wgh (A). Het is duidelijk dat met deze regeling in art. 13.7 Wm beoogd is het beleid onder de Wgh in de nieuwe regeling te continueren. De regeling heeft ook gevolgen voor de vergunningverlening bij uitbreidingen waarbij de zone als toetsingskader fungeert voor de vergunningverlening: uitbreiding is niet mogelijk als daardoor de geluidsoverlast buiten de zone toeneemt of een deel van de inrichting buiten de zone gesitueerd zou worden.